Sekolah KAFA ini ditadbir secara langsung oleh Pejabat Agama Daerah Kuala Muda dengan dibantu secara tidak langsung oleh Jawatankuasa KAFA yang dipilih setiap tahun pada Feb/Mac setiap setiap tahun. Organisasi ini terbahagi kepada 2 bahagian iaitu:
1. Jawatankuasa KAFA. Berfungsi seperti persatuan PIBG yang turut dianggotai oleh Guru (Ustazah), AJK Qaryah dan ibu/bapa/waris murid.
Jawatankuasa KAFA Sesssi 2011
a. Pengerusi
b. Timbalan
c. Setiausaha
d. Bendahari
e. Jawatankuasa Guru
(1)
(2)
(3)
(4)
(5)
f. Jawatankuasa Waris
(1)
(2)
(3)
(4)
(5)
